第20章  基因

    這個問題遠沒有這么簡單。基因組學發展到今天，圍繞它的討論和爭議，從結構和功能基因組學，到生命進化，一直到哲學，甚至到學術資源政治版圖的劃分，可以寫上一個很有趣的故事。

    存在即合理。

    這個沒錯。

    但是，存在即有用嗎？譬如我們的闌尾和智齒，它們用處不大，麻煩不小，更多地是人類進化過程中留下的遺跡，絕非什么寶貝。

    人類基因組中98.5%的非編碼序列，也要辯證地來看。

    早在20世紀六七十年代，人們就開始把非編碼序列稱為“垃圾DNA”了。

    然而人們很快就發現，不少非編碼序列跟基因的轉錄調控密切相關。

    垃圾并不垃圾，生命也絕非僅有中心法則。

    那么非編碼序列中都有些什么好東西呢？教科書中經典的非編碼DNA元件，如啟動子和增強子，可動遺傳因子，還有具有生物活性的小RNA。

    分子生物學發展的早期，科學家為了窺破生命這一黑箱，所設計的精妙絕倫的生物化學實驗，實在令后生拍案叫絕！

    而在這高通量、大數據為王的新世紀，非編碼DNA研究的主力毫無疑問是  ENCODE計劃。

    這是全球大規模合作的科研項目的典范，生物大數據的先驅。

    全球數十個科研團隊，用最新開發的高通量實驗方法，系統地，全面地掃描人類和其他生物各種組織中所有非編碼DNA的生物活性。

    他們用的方法有ChIP-seq（檢測染色質和蛋白質的相互作用），RNA-seq（把細胞里的所有RNA分子作為一個整體測序），DNase-seq（把染色質上對DNA酶敏感的區域，也就是結構較疏松較暴露的區域給測序），等等等等。

    可惜當時還沒有CRISPR，否則檢測基因組區域的功能（不管編碼非編碼）是非常地合適（Canver  et  al.，  2017）。

    現在人們已經開始跟進了。