永歷十三年（1659年）七月十二日，十余萬身著甲胄的將士來到了紫金山南麓獨龍阜玩珠峰下的孝陵。這里是太祖高皇帝與孝慈高皇后合葬的陵寢，大明朝奉行孝治天下，故名“孝陵”，在這個戰亂的年代具有莫大的意義，誰能首祭孝陵，誰便是大明的正統。

    為首一人，三十五六歲的年紀，面容清秀，抿著嘴唇，微髭、短糶，神采飛揚。只見他帶著眾人于門外下馬后，由甬道旁行，上行三跪九叩頭禮，詣寶城前行三獻禮，謁陵態度之恭敬，禮數之尊崇，感人肺腑。

    “太祖高皇帝！”那漢子深深一拜，忽然虎目垂淚，發出悲鳴。這一拜一哭不要緊，三軍將士人人憤激，皆跟隨他既拜而哭，“父老從者數萬人，皆感泣”，玩珠峰乃至整個紫金山，頓成悲傷的海洋。此人非是別人，正是隆武帝賜姓朱、人稱“國姓爺”的朱成功。

    永歷十二年（1658年），清軍進兵西南，朱成功見清方主力集中于西南，決定率軍乘船北上，沿長江進取金陵（南京）。此計劃其實早已有之，為此還曾上表永歷帝，報告出師大舉，要求李定國、孫可望各軍密切配合。去年，鄭軍開始了緊張的北伐準備，他親自坐鎮廈門，檢查軍備，儲備糧食，督造戰船，操練鐵軍，綏靖后方。出征前夕特意公布北伐禁條十項，主要內容是嚴禁奸淫、焚毀、擄掠和宰殺耕牛等。不久，永歷帝晉其為延平郡王、招討大將軍，全權主持北伐軍事。四月，準備完畢的他率舟師十萬（一說十七萬），陸海并進，浩浩蕩蕩殺奔金陵，開始了聞名天下的長江之役。

    開局并不順利。八月初九日，他親統大軍乘船由舟山進抵羊山（今大洋山，屬崎嶇群島），這里是“海道必由之路”，“南至定海，北至吳淞，皆一潮可到，蓋江、浙之交界也”。在羊山，斯人發出豪言：“我提師望復神京，以為社稷”。不料天有不測風云，碰到了臺風。八月初十日，陡然之間烏云滾天，狂風驟起，大雨如注，波濤洶涌，鄭軍舟船對面亦不相見，互相撞擊和為大浪顛覆，翻沉損壞的很多。他的六位妃嬪，第二、第三、第五個兒子都被淹死，兵將、船艘、器械損失巨大，不得不返回舟山整頓。由于該島荒蕪，大軍難以久留，九月初，鄭軍船只分三幫經舟山群島與鎮海縣之間的海峽南下。禍不單行，清福建提督馬得功趁鄭軍遠出、金廈空虛之機，于六月初四日攻占了泉州附近的鄭軍基地白沙（即鄭鴻逵歸隱地）；鄭軍中一些清方投降過來的北方兵將不習慣海上軍旅生活，又被羊山颶風嚇壞，紛紛逃走。在極端不利的情況下，這位國姓并不氣餒，一面整頓隊伍，制造器械，修補船艦，籌集糧餉，準備明年再舉；一面在南返途中攻克臺州、海門衛、黃巖縣、盤石衛、樂清縣等浙江沿海要地。

    永歷十三年（1659年）二月二十日，朱成功由沙關來到磐石衛，再次著手部署長江戰役，他吸取教訓，一面加強金廈防務，一面傳諭官兵搬眷隨征，諭云：“官兵遠征，不無內顧；攜眷偕行，自然樂從。本藩統領大師，北伐丑虜，肅靖中原，以建大業。慮各勛鎮將領官兵，永鎮之時有為家之念，已經著兵、戶官撥趕繒船配載各眷；各令有眷官兵照依派船載來，暫住林門，候令隨行”。他用兵歷來喜歡把將士的家眷安置于比較安全的地方，此時一反常態是因為對攻克南京、收取江南有必勝的把握，所以在給部下的軍令中用了“永鎮”二字。此令一下，“官兵俱各欣悅”。有人覺得他是怕大軍北征時，留在金廈的家眷被清軍所奪，動搖軍心；也有人作詩諷之曰：“浪激風帆高入云，相看一半石榴裙。簫聲宛轉鼓聲起，江左人稱娘子軍……”。這都不重要，重要的是仗打得如何。

    此次可謂勢如破竹！四月，朱成功、張煌言親統大軍北上，二十八日到達浙江定海，經過兩天激戰，全殲守軍，焚毀清水師船只一百余艘，既解除了后顧之憂，又制造出進攻寧波的假象；五月初，他親率兵馬十余萬、分乘大小船艦三千余只從定海北上，航向長江口。十九日，由吳淞口進入長江。清蘇淞提督馬逢知（原名馬進寶）事前已同他有秘密聯系，按兵不動，心懷觀望；六月初一，鄭軍進至江陰；十六日攻克瓜州，陣斬清游擊左云龍，破滿漢兵馬數千，清操江巡撫朱衣助投降；二十二日在鎮江銀山大破清江寧巡撫蔣國柱、提督管效忠派來的援兵，清鎮江守將高謙、知府戴可進獻城投降；二十六日，張煌言帶領的一支為數不多的艦隊已進抵南京城下。一時間，長江中來往行駛的是鄭軍的戰艦，兩岸馳騁的是鄭軍的戰馬，各城鎮都涌動著歡迎鄭軍的百姓，抗清形勢呈現出從未有過的大好局面。清廷方面慌作一團，靖南將軍喀喀木、江南江西總督郎廷佐密疏請求“速從京師調遣大兵前來，方可恢復瓜州，大江兩岸城池亦不致失守”，“勢甚猖獗，連日長驅，圍困江寧，侵犯上游，大江南北各州縣相繼失守，內外信息不通幾一越月”……漕運總督亢得時，在“不死于敵必死于法”的壓力下，居然在往援南京的途中從船上跳入水中自盡。在巨大的壓力面前，清廷急調上海、杭州等地駐軍以及由云貴返回北京輪休的軍隊馳援南京。

    鎮江距南京不過百里之遙，部將甘輝建議“晝夜倍道，兼程而進”；其他將領卻以“我師遠來，不習水土，兵多負重，值此炎暑酷熱，難責兼程之行也”，又提出正下大雨，河溝皆滿，不利于行軍，建議走水路。所謂“不習水土”、“炎暑酷熱”，固然有理，但同以北方人為主的清軍援兵相比，就很難說得過去。至于正逢大雨，不利陸路行軍，更是一種借口，因為清軍援兵趕赴南京的路程要遠得多。朱成功竟然采納了這一主張，決定由水路進發，從而失去了第一次戰機。六月十八日晚上，由貴州返回北京休整的部分滿洲八旗兵在梅勒章京噶褚哈、瑪爾賽、吐爾瑪率領下由荊州到達南京，增強了防守力量，大大振奮了城內的士氣。清兩江總督郎廷佐在題本中說：“自海逆于京口得志后，賊勢大盛，于六月二十六等日，已溯江逼近江寧。時因城大兵分，力薄難支，幸由梅勒章京噶褚哈、瑪爾賽、吐爾瑪等率滿洲兵自貴州前來，省城方得無虞”。

    不過，這支清軍數量有限，又是因出征日久由他部替換回北京休整的疲憊之軍，南京清軍的實力并沒能增強太多，硬要打，鄭軍還是打得下來的。可鄭軍在占領鎮江后，行動卻異常緩慢。十幾萬大軍所乘海船形體巨大，逆水而上，又不順風，只能靠纖挽而行，十天之后（七月初九日）才到達南京儀鳳門下。按理說，兵將既然是乘船而來，當不致旅途疲勞，稍事部署即可發起攻城。可這位國姓爺仍然慢吞吞地動作，七月十一日他率領大將甘輝、馬信等數十人在幾百名親隨侍衛保護下“繞觀鐘山，采踏地勢”，十二日，成功率諸文武將士赴孝陵祭太祖，哭奠列宗。

    “國姓，兵貴神速，現在可不是悲傷的時候，當速取金陵才是”，望著哭成一團的主上，中提督甘輝有些著急地說。

    “嗯”，身經百戰的朱成功自然知道一鼓作氣的道理，點點頭完成了祭拜。次日，“令甘輝、余新扎獅子山；萬禮、楊祖扎第二大橋山；以翁天祐為救應，御儀鳳門要路；馬信、郭義、黃昭、蕭拱宸屯扎漢西門，連林明、林勝、黃昌、魏雄、楊世德諸營壘。又令陳鵬、藍衍、陳魁、蔡祿、楊好屯扎東南角，依水為營；劉巧、黃應、楊正、戴捷、劉國軒屯扎西北角，傍山為壘，連周瑞、林察、張名振等營。又令張英、陳堯策、林習山屯扎獄廟山，連諸宿鎮護衛大營。各設鹿角了望，深溝木柵防御。江南一時震動”。不過，南京城是太祖高皇帝建都的地方，城垣非常廣大，鄭軍雖有十幾萬也難將該城包圍得水泄不通，如此部署，看似圍住了南京，卻讓己方的兵力分散，變得單薄。

    “國姓，偽清水師提督管效忠派人請降”，正準備下令攻城，前鋒鎮余新給這位國姓帶來了一個好消息。“哦，讓來使入帳”，朱成功點了點頭。七月十一日，鄭軍曾截獲管效忠給清廷的緊急求援疏，其中說：“海師二十余萬、戰船千余艘，俱全身是鐵，箭射不透，刀斬不入。瓜、鎮二戰，敗回者魂魄猶驚，策戰皆鞠縮不前……現攻圍南都，危如壘卵，乞發大兵南下救援撲滅，免致燎原焰天”。他閱后非常高興，判斷“南都必降”，當即命人草擬招降書，用箭射入城中，如今敵人果然降矣！此時的他已經被勝利沖昏了頭腦，認為以自己的實力和威望，敵人來降乃是理所應當，絲毫沒有懷疑。

    使者入帳，恭敬地呈上清水師提督管效忠的請降信。拆開一看，上面寫著：“大師到此，即當開門延入。奈我朝有例，守城者過三十日，城失則罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主寬三十日之限，即當開門迎降”。

    “哦，讓孤等三十日？”朱成功讀罷信，想了想同意了，畢竟南京乃天下有數的堅城，強攻損失太大，若不戰而得南京，豈不是件好事？

    “爾回去告訴管效忠，本藩攻此孤城，不過一腳尖耳。既然來降，姑準其寬限者，蓋欲取信于天下也。若至期不降，攻入之時，寸草不留”，他嚴肅地對使者說。

    “國姓，此乃緩兵之計，不可憑信，可速攻之”，使者叩首而去后，部下潘庚鐘建議。

    “自舟山興師至此，戰必勝，攻必取，彼焉敢緩吾之兵耶？彼朝實有定例，爾勿多疑”，朱成功滿不在乎地說，言語中盡顯王者霸氣。

    潘庚鐘急了，“國姓，孫子有云：‘辭卑者，詐也；無約而請和者，謀也。欲降則降，豈戀內顧？決是城中空虛。速為進兵攻之，乃為上策’”。