在混戰中，長野勢上下無不奮勇當先，死戰不退。隨海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱三人主動出擊的不少武士雖然悍勇，但畢竟兵力寡少，根本難以抵擋如同潮水一般蔓延而來的上杉軍。

    而淺井軍還沒支撐多久，海北友成（海北綱親長男）、海北助左衛門、赤尾清冬（赤尾清綱長男）、赤尾四郎兵衛（赤尾清綱次男）、赤尾伊豆守（赤尾清綱三男，一說次男）、赤尾與四郎、赤尾筑后守、赤尾孫三郎、雨森清良（雨森清貞長男）、雨森清廣（雨森清貞次男）、雨森藤次等海北、赤尾、雨森三族之中眾多有名武士們紛紛被討取。

    其余淺井軍在看到己方一名接著一名有名武士被討取后，士氣和戰意很快就喪失殆盡，迅速崩潰，進而四散而逃。

    海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱三人知道大勢已去，但仍然沒有就此向上杉家低頭的想法，他們便率殘部一百余人繼續向長野業正所在的中山道上杉軍本陣發起突擊。

    只是，小谷城南的遭遇戰已經演變為痛打落水狗。

    僅剩下一百余人的淺井軍怎么可能在士氣、戰意盡喪的情況下突破層層上杉軍的圍追堵截？

    結果毫無疑問，海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱三人先后在混戰之中分別被長野家與力上泉信綱、長野家筆頭家老藤井友忠、長野家譜代家臣青柳忠家所討取

    隨后，遠藤直經、海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱等淺井家重臣們的首級與朝倉景鏡、朝倉景健、栂野吉仍、印牧美滿等叛臣們的首級一同被送到清定所在的上杉軍本陣報捷。

    雖然本丸、大岳城兩地已經被孤立起來，但并不代表守軍不知曉小谷城其余地區以及城外的戰況。

    百百內藏助、巖脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等淺井家重臣們在登上本丸、大岳城中的箭櫓，看到了己方一次又一次決死突擊失敗的情景是面如死灰。他們很快就意識到繼續堅守本丸、大岳城兩地已經毫無意義了。

    在經過了一番商議后，百百內藏助、巖脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等人便達成了一致，讓本丸之中的侍女和老弱病殘之人盡數向上杉軍投降，其余人等則是各謀生路，不予以阻攔。

    至于百百內藏助、巖脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等淺井家重臣們，則是放棄了生路，選擇了切腹自盡。

    由于遠藤直經、海北綱親、雨森清貞、赤尾清綱等淺井家重臣們接連陣亡，使得淺井·一向一揆聯軍再也無法抵擋上杉軍的凌厲攻勢。

    不僅一度被淺井·一向一揆聯軍奪回的出丸、山崎丸再度易手，就連福壽丸、金吾丸、小丸等地也先后被上杉軍壓制。高宮右京亮、野村孫太郎、田井重兵衛、柳之瀨重介等淺井·一向一揆聯軍之中的有名武士也紛紛被討取。

    淺井長政在萬般無奈之下，只得與淺井政元、淺井政之、淺井惟安、淺井亮親、淺井政澄等同族重臣們率殘部三百余人退守赤尾曲輪。

    萬念俱灰、無力回天的淺井長政在赤尾曲輪堅守至第二天后，便讓庶流的淺井惟安擔任介錯，于赤尾清綱的府邸之中切腹自盡。

    淺井政元、淺井政之、淺井惟安、淺井亮親、淺井政澄等淺井一族之人深知無路可逃，也緊隨淺井長政先后切腹自盡。

    至此，自大永三年（1523年）淺井亮政崛起以來的淺井家，歷經三十五年三代人后宣告滅亡。