眼見家中絕大部分的重臣、智囊都表示贊同后，清定著手組織一場規(guī)模不下于承久之亂的上洛大軍：

    首先，清定授予畠山高政、北畠具教、北條氏政、一色義幸、山名祐豐、伊達晴宗、尼子晴久等人為鐮倉府評定眾的役職，以此來穩(wěn)住這些有力大名繼續(xù)對上杉家的支持；

    其次，以本誓寺住持本誓寺超賢作為使者出使加賀，希望加賀一向一揆眾不要阻撓上杉家發(fā)兵上洛，否則將視為足利將軍家、三好家、六角家、朝倉家的盟友，一并攻滅；

    再次，以越中守護代柿崎景家為北陸道大將，奧州探題伊達晴宗為副將，越后守護代齋藤朝信為軍奉行，魚沼郡郡司平子房政為軍監(jiān)，最上義守為軍糧奉行，節(jié)制大寶寺義增、小野寺輝道、藤目勝久、安東愛季、戶澤道盛、淺利政吉（門脇政吉）、長續(xù)連、平總知、游佐宗円、三宅總廣、游佐續(xù)光、溫井續(xù)宗、三宅綱賢、畠山義遠、畠山將監(jiān)、計見堯元、須田村定、石坂忠章、廣居忠家、安田景元、丸山昌明、齋木尚重、富永長綱、福島政為、內山滿久、神保長職、神保覺廣、椎名康胤、三善光康、齋藤利忠、唐人親廣、長澤光國、石黑光兼、小島職鎮(zhèn)、土肥政忠、水越盛重、葛山氏元、勝沼信元、瀉上秀敏、久知時泰、澤根高秀、北條芳林（北條高廣）、藏王堂利景、長尾景吉、鲇川清長、五十公野弘家、竹俁慶綱、大川忠秀、小國重賴、上野家成、大關親信、登坂清高、北方滿繁等能登、越中、越后、佐渡、羽前、羽后諸將，以及右虎捷備的一千常備軍勢，以六萬四千軍勢、一萬余陣夫經北陸道水陸并進攻向京都，于直江津、小木湊、放生津、輪島湊、魚津城、正院川尻城、大泊湊等地設置水陸補給樞紐，確保大軍的糧草輜重，若是在進入加賀境內后遭到加賀一向一揆眾的阻撓，便將其剿滅后繼續(xù)進軍；

    而后，以上野守護代長野業(yè)正為中山道大將，信濃守護代中條藤資為副將，伊那郡郡司色部勝長為軍奉行，飛驒守護代石川重久為軍監(jiān)、大熊朝秀為軍糧奉行，節(jié)制沼田定業(yè)、八條能重、諏訪定賴、黑川清實、高梨政賴、市河賴房、長尾賴春、新保景重、山吉豐守、木曽義康、坂西長重、小笠原長隆、二木重高、犬甘政德、赤澤貞經、真田幸隆、望月信雅、海野棟綱、仁科春盛、飯島為政、下條氏長、小林政氏、泉親重、須田信正、島津規(guī)久、油川信守、小幡景定、鐮原幸重、羽尾幸全、長尾景總、長尾憲景、高山重俊、江馬輝盛、三木良賴、內島氏利、鹽屋秋貞等信濃、飛驒、上野諸將，以三萬四千余軍勢、五千余陣夫經中山道攻向位于美濃與近江境目地帶的不破關，美濃境內若有武家負隅頑抗，就立即進行攻滅后進軍，屆時再與本隊進行合流；

    然后，清定親自擔任總大將，并帶上關東公方足利義氏，以上總守護代、鐮倉府侍所執(zhí)事上杉定虎為副將，巖代守護代八條房繁為軍奉行，筑波郡郡司宇佐美定滿為軍師，勘定奉行樋口兼豐為軍糧奉行，相模水軍眾旗頭間宮康信為船大將，節(jié)制八條春綱、八條定繁、山本寺定長、加地春綱、宇佐美定勝、上條定賴、甘糟景持、金津義舊、新發(fā)田長敦、白井胤治、八戶治義、善宗次、長尾當長、北條高定、太田資正、宇都宮定綱、本莊繁長、里見義堯、佐竹義昭、巖城重隆、相馬盛胤、大崎義直、葛西晴信、穴澤氏清、大石定久、佐野泰綱、山岸光重、長沼藤內、河原田盛宗、浦野重成、和田業(yè)繁、澤根高秀、水谷正村、真壁宗干、土岐賴藝、土岐卜仙、小田氏治、笠間時廣、野口光晴、金子為廣、臼井景胤、那須資家、櫻田景親、和賀義明、稗貫義時、鷲內秀定、久慈治興、鲇貝宗信等武藏、相模、下野、常陸、上總、下總、安房、伊豆、甲斐、駿河、巖代、磐城、陸前、陸中、東遠江諸將，以及左控鶴備、左虎捷備、左龍捷備、右龍捷備、橫沖備、龍驤備、常備足輕等常備軍勢，十八萬三千余軍勢，五萬余陣夫經東海道水陸并進攻向京都，于小名浜湊、石卷湊、波崎湊、久慈湊、洲崎湊、三崎湊、大島湊、下田湊、清水湊、大須賀湊等地設置水陸補給樞紐，確保大軍的糧草輜重；

    最后，以少主越后太郎丸作為留守役，負責鎮(zhèn)守本據小田原城，由隱居老臣新發(fā)田綱貞、倉賀野城城主倉賀野尚行、高井城城主新津勝邦、逆井城城主栗林賴忠、凈妙寺住持湛光風車、右控鶴備軍奉行小島貞興等人負責輔佐。

    不僅如此，清定還以前任北條家家督北條氏康擔任先陣大將，負責出兵尾張，聯(lián)合上杉家尾張眾旗頭直江景綱討伐織田家，以此來震懾蠢蠢欲動的長島一向一揆眾。